Le Conseil est composé d’un délégué de chacun des organismes membres. Il se réunit plusieurs fois par année. La réalisation de ses divers projets est confiée à des groupes de travail.

Le Conseil est un organisme à but non lucratif, financé par les activités qu'il organise, et qui bénéficie aussi de subventions externes. La Direction de l'amélioration de l'exercice du Collège des médecins du Québec assume le secrétariat permanent du Conseil.